Rupture conventionnelle pendant un arrêt maladie : possible, risques et négociation

Par Nathalie DAHAN AOUATE · Publié le 9 novembre 2026 · 15 min de lecture

Une rupture conventionnelle peut être signée pendant un arrêt maladie, même après un accident du travail, s'il n'y a ni fraude ni vice du consentement. L'arrêt ne ferme donc pas la porte à un départ négocié. Il change en revanche trois choses : l'attention à porter à la liberté de votre accord, le salaire qui sert de base à votre indemnité et l'enchaînement entre indemnités journalières, prévoyance et chômage. Au Cabinet NDA, ces points se règlent avant la signature, parce qu'après l'homologation la marge de correction devient étroite.

L'essentiel en trois points :

la proposition est licite : l'employeur peut proposer une rupture conventionnelle pendant votre arrêt, et cette proposition ne laisse pas, en soi, supposer une discrimination liée à votre état de santé ^[2] ;
votre consentement reste le verrou : une convention signée sous l'effet d'une violence morale peut être annulée ^[11] ;
le salaire de référence se vérifie avant de signer : des mois d'arrêt font baisser la moyenne des derniers salaires, alors que la jurisprudence retient pour l'indemnité de licenciement, plancher de l'indemnité spécifique ^[7], le salaire perçu avant l'arrêt ^[16].

Signer en arrêt maladie : ce que dit la Cour de cassation

La rupture conventionnelle repose sur un accord. Elle ne peut être imposée par l'une ou l'autre des parties, et ses règles sont destinées à garantir la liberté du consentement ^[1]. Pendant un arrêt de travail, c'est la Cour de cassation qui a fixé le régime de la rupture conventionnelle, situation par situation.

Maladie ordinaire

Dans un arrêt du 17 juin 2026, la Cour pose la règle pour la maladie ordinaire. Sauf fraude ou vice du consentement, une rupture conventionnelle peut être valablement conclue pendant la suspension du contrat due à un arrêt de travail pour maladie ^[2]. L'arrêt de travail suspend votre contrat, il ne vous retire pas la capacité de négocier votre départ.

Accident du travail, maladie professionnelle et inaptitude

Pendant un arrêt consécutif à un accident du travail ou à une maladie professionnelle, l'employeur ne peut rompre le contrat que dans deux cas. Il doit justifier d'une faute grave, ou de l'impossibilité de maintenir le contrat pour un motif étranger à l'accident ou à la maladie ^[3]. Cette protection vise la rupture décidée par l'employeur. La Cour de cassation a jugé que, sauf fraude ou vice du consentement, une rupture conventionnelle peut être valablement conclue au cours de cette période de suspension ^[4]. En 2019, elle a jugé qu'une cour d'appel avait retenu « à bon droit » la même solution pour un salarié déclaré inapte à son poste à la suite d'un accident du travail ^[5].

Agnès et Pascale Étiennot (Le droit du travail en tableaux, Ellipses, 2e éd.) décrivent ainsi cette jurisprudence. La Cour soumet « la validité de la rupture conventionnelle à la liberté de consentement des parties » et « à l'absence de fraude établie de l'employeur ».

La procédure et le calendrier ne changent pas

Vous et votre employeur convenez du principe de la rupture lors d'un ou plusieurs entretiens ^[6]. Vous pouvez vous y faire assister par une personne de votre choix appartenant au personnel de l'entreprise, qu'il s'agisse d'un élu, d'un salarié titulaire d'un mandat syndical ou de tout autre salarié. En l'absence d'institution représentative du personnel, vous pouvez choisir un conseiller du salarié inscrit sur une liste dressée par l'autorité administrative ^[6]. L'employeur ne peut se faire assister que si vous êtes vous-même assisté. Vous l'en informez auparavant, et il vous informe à son tour s'il souhaite être assisté. Il peut l'être par une personne du personnel ou, dans les entreprises de moins de cinquante salariés, par une personne de son organisation syndicale d'employeurs ou par un autre employeur de la même branche ^[6].

Étape	Règle	Effet de l'arrêt maladie
Rétractation	15 jours calendaires à compter de la signature ^[7]	Le texte ne prévoit aucune prolongation
Homologation	15 jours ouvrables d'instruction, silence valant homologation ^[8]	Aucune règle propre à l'arrêt
Date de rupture	Fixée par la convention, au plus tôt le lendemain de l'homologation ^[7]	L'administration indique qu'elle n'est pas repoussée par un arrêt maladie ^[9]

Un arrêt qui commence après la signature ne prolonge donc pas votre délai de rétractation ^[7], et, selon l'administration, la rupture intervient à la date convenue ^[9]. Le détail de ce calendrier figure dans notre article sur les délais de la rupture conventionnelle, de l'entretien à la fin du contrat.

Une proposition pendant l'arrêt n'est pas une discrimination en soi

Votre employeur ne peut ni vous licencier ni prendre une mesure discriminatoire en raison de votre état de santé ^[10]. Le fait de proposer une rupture conventionnelle à un salarié en arrêt ne constitue pas, à lui seul, un élément laissant supposer une discrimination liée à son état de santé ^[2].

Dans l'affaire jugée le 17 juin 2026, la cour d'appel avait vu une présomption de discrimination dans la réitération de la proposition pendant l'arrêt, suivie d'un licenciement pour absence prolongée ^[2]. La Cour de cassation a cassé cet arrêt sur ce point. Une proposition de rupture conventionnelle durant l'arrêt de travail « ne constitue pas, en soi, un élément matériel laissant supposer l'existence d'une discrimination en raison de l'état de santé » ^[2].

Deux enseignements pratiques en découlent. Vous restez libre de refuser, puisque la rupture conventionnelle ne peut être imposée ^[1]. Et si vous estimez subir une discrimination, la proposition seule ne suffira pas à la laisser supposer ^[2] : ce sont les éléments qui l'entourent qu'il faut conserver (courriels, relances, propos tenus sur vos absences). Si l'employeur engage ensuite un licenciement, nos développements sur le licenciement pendant un arrêt maladie et ses conditions prennent le relais.

Consentement fragilisé : quand la convention peut être annulée

Un arrêt pour épuisement professionnel, anxiété ou dépression pose une question directe : votre accord était-il libre au moment de signer ?

Situation au moment de la signature	Validité de la convention
Arrêt pour maladie ordinaire	Valable, sauf fraude ou vice du consentement ^[2]
Arrêt après accident du travail ou maladie professionnelle	Valable, sauf fraude ou vice du consentement ^[4]
Harcèlement moral, sans vice du consentement établi	Le harcèlement n'affecte pas en lui-même la validité ^[12]
Violence morale liée au harcèlement et à ses troubles psychologiques	Annulation possible ^[11]

La nuance est décisive. La Cour de cassation a jugé qu'en l'absence de vice du consentement, l'existence de faits de harcèlement moral n'affecte pas en elle-même la validité de la convention ^[12]. Elle a en revanche approuvé l'annulation d'une convention dans une affaire jugée en 2013 ^[11]. La salariée sortait d'un arrêt de travail pour maladie et avait signé le jour de sa reprise. Les juges du fond avaient souverainement estimé qu'elle se trouvait alors dans une situation de violence morale, du fait du harcèlement subi et des troubles psychologiques qui en étaient résultés ^[11].

Le vice se prouve donc au cas par cas, avec des pièces datées : certificats médicaux, suivi psychologique, échanges avec l'employeur dans les semaines qui précèdent la signature. Lorsque la convention est annulée, la rupture produit les effets d'un licenciement sans cause réelle et sérieuse, et les sommes versées en exécution de la convention doivent être restituées ^[13].

Indemnité : quel salaire de référence après des mois d'arrêt

L'indemnité spécifique de rupture conventionnelle ne peut pas être inférieure à l'indemnité légale de licenciement ^[7]. Elle ne peut pas non plus être inférieure à l'indemnité conventionnelle de licenciement plus favorable lorsque l'employeur relève de l'avenant du 18 mai 2009 à l'accord national interprofessionnel du 11 janvier 2008 ^[27]. L'indemnité légale est calculée sur la rémunération brute perçue avant la rupture ^[14]. Le salaire de référence est, selon la formule la plus avantageuse, la moyenne mensuelle des douze derniers mois ou le tiers de la rémunération des trois derniers mois. Si votre ancienneté est inférieure à douze mois, la première formule porte sur la moyenne de l'ensemble des mois précédents ^[15].

Après plusieurs mois d'arrêt, ces deux moyennes peuvent fortement baisser. Pour l'indemnité de licenciement, la Cour de cassation retient, selon la formule la plus avantageuse, le salaire des douze ou des trois derniers mois précédant l'arrêt de travail pour maladie ^[16]. Cette indemnité étant le plancher de l'indemnité spécifique ^[7], le cabinet recommande de faire inscrire dans la convention le salaire antérieur à l'arrêt comme salaire de référence.

Un exemple chiffré. Un directeur commercial perçoit 9 000 euros brut par mois jusqu'à son arrêt, et dix années d'ancienneté sont retenues. L'indemnité légale vaut alors un quart de mois par année ^[17], soit deux mois et demi de salaire.

Salaire de référence	Calcul	Montant obtenu
Salaire perçu avant l'arrêt, retenu par la jurisprudence pour l'indemnité légale : 9 000 €	9 000 € × 2,5	22 500 €
Moyenne des douze derniers mois, arrêt compris, si l'employeur la retient : 6 000 € dans cet exemple	6 000 € × 2,5	15 000 €, montant contestable
Écart	22 500 € - 15 000 €	7 500 €

Le montant de 15 000 euros est contestable : le plancher est l'indemnité légale de licenciement ^[7], que la Cour de cassation calcule sur le salaire précédant l'arrêt ^[16]. Ce plancher n'est d'ailleurs qu'un point de départ : la méthode complète figure dans notre guide sur le calcul de l'indemnité de rupture conventionnelle.

Après la rupture : indemnités journalières, prévoyance et chômage

La fin du contrat ne vous fait pas perdre, par elle-même, la protection de l'assurance maladie. Le Code de la sécurité sociale maintient le droit aux prestations en espèces des personnes qui cessent de remplir les conditions d'activité, pendant une durée fixée par décret ^[18].

L'allocation chômage, elle, n'est pas due tant que vous êtes pris, ou susceptible d'être pris, en charge par la sécurité sociale au titre des prestations en espèces ^[19]. Le règlement protège en revanche vos droits. La fin de contrat doit en principe se situer dans les douze mois précédant votre inscription, mais ce délai est allongé des journées d'arrêt indemnisées par l'assurance maladie ^[19]. Le différé spécifique, lui, retarde l'allocation en proportion des sommes dont le montant ne résulte pas directement de la loi, dans la limite de 150 jours calendaires. Un différé distinct, limité à trente jours, s'applique à l'indemnité compensatrice de congés payés ^[19]. Le cabinet détaille la durée et le calendrier de l'allocation après une rupture conventionnelle.

Après la date de rupture	Ce qui s'applique	À vérifier avant de signer
Indemnités journalières	Droit aux prestations en espèces maintenu pour une durée réglementaire ^[18]	La durée prévisible de l'arrêt
Allocation chômage	Non due pendant la prise en charge par la sécurité sociale ^[19]	Le différé lié à l'indemnité négociée
Prévoyance et mutuelle	Maintien gratuit jusqu'à 12 mois si la rupture ouvre droit au chômage ^[20]	La notice du contrat de prévoyance

La prévoyance mérite une attention particulière pour un salarié en arrêt. La portabilité couvre notamment les risques d'incapacité de travail et d'invalidité. Elle dure autant que la période d'indemnisation chômage, dans la limite de la durée du dernier contrat et de douze mois ^[20]. Les garanties maintenues sont celles en vigueur dans l'entreprise ^[20] : demandez la notice avant de fixer la date de rupture.

Négocier en arrêt : les leviers propres à cette situation

Un arrêt de travail ne vous place pas nécessairement en position de faiblesse si vous identifiez ce que la rupture vous fait perdre. Trois leviers sont propres à cette situation.

Le salaire de référence : faire retenir par écrit le salaire antérieur à l'arrêt, comme le fait la jurisprudence pour l'indemnité de licenciement ^[16].
La date de rupture : elle se négocie, au plus tôt au lendemain de l'homologation ^[7], en tenant compte du maintien de votre prévoyance.
L'origine professionnelle de l'arrêt : c'est le levier le plus lourd, détaillé ci-dessous.

Un salarié déclaré inapte après un accident du travail ou une maladie professionnelle, puis licencié pour cette inaptitude dans les cas prévus par la loi, a droit à une indemnité spéciale ^[21]. Sauf dispositions conventionnelles plus favorables, elle est égale au double de l'indemnité légale de licenciement. S'y ajoute une indemnité compensatrice d'un montant égal à l'indemnité de préavis. Ces deux indemnités ne sont pas dues si l'employeur établit que vous avez abusivement refusé un reclassement proposé ^[21]. La rupture conventionnelle ne garantit, elle, que l'indemnité légale ^[7], ou l'indemnité conventionnelle si l'avenant de 2009 s'applique et qu'elle est plus favorable ^[27]. Si l'arrêt du directeur commercial de l'exemple faisait suite à un accident du travail suivi d'une inaptitude, l'écart entre les deux montants atteindrait 22 500 euros, avant même l'indemnité compensatrice. C'est ce différentiel, et non le minimum légal, qui fixe le point de départ réaliste d'une discussion.

Pour les leviers communs à toute rupture négociée (levée de la clause de non-concurrence, bonus), le cabinet renvoie à son guide pour négocier une rupture conventionnelle au-delà du minimum légal. Face à un employeur pressé de conclure pendant votre arrêt, mieux vaut s'entourer d'un cabinet expert en négociation de rupture conventionnelle.

Conclusion : un départ qui se négocie, pas qui se subit

La rupture conventionnelle reste ouverte pendant un arrêt maladie ^[2], pendant un arrêt consécutif à un accident du travail ^[4] et même après une déclaration d'inaptitude ^[5]. Ce qui fait la différence se joue avant la signature : la liberté de votre consentement, le salaire de référence, la date de rupture et l'enchaînement entre indemnités journalières, prévoyance et chômage. Chaque situation reste particulière, et cet article ne remplace pas l'analyse de votre dossier. Avant de répondre à une proposition, faites le point sur vos marges de négociation avec le Cabinet NDA.

Vos questions, nos réponses

Pouvez-vous refuser une rupture conventionnelle proposée pendant votre arrêt ?

Oui. La rupture conventionnelle ne peut être imposée par l'une ou l'autre des parties ^[1], et votre refus ne vous oblige à aucune justification. Votre employeur ne peut pas vous licencier en raison de votre état de santé ^[10]. Dans l'affaire jugée le 17 juin 2026, l'employeur avait licencié le salarié pour absence prolongée après lui avoir proposé une rupture conventionnelle. La Cour de cassation a jugé qu'une telle proposition ne laisse pas, en soi, supposer une discrimination liée à l'état de santé ^[2]. Les conditions d'un licenciement pendant l'arrêt sont détaillées dans notre article sur ce que l'employeur peut faire pendant un arrêt maladie.

Les congés payés acquis pendant l'arrêt sont-ils payés à la sortie ?

Oui, pour les congés encore dus à la date de rupture. Les périodes d'arrêt pour maladie non professionnelle sont assimilées à du travail effectif pour la durée du congé ^[22]. Les périodes d'arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle sont, elles aussi, assimilées à du travail effectif ^[22]. Les arrêts non professionnels ouvrent droit à deux jours ouvrables par mois, dans la limite de vingt-quatre jours par période de référence ^[23]. Le congé non pris à la date de rupture donne lieu à une indemnité compensatrice ^[24]. Attention aux arrêts longs : les congés que la maladie a empêché de prendre bénéficient d'une période de report de quinze mois ^[28]. Une règle particulière vise les congés acquis pendant l'arrêt. Si votre contrat est suspendu depuis au moins un an à la fin de la période de référence au titre de laquelle ils ont été acquis, leur report commence dès cette date ^[29]. Vérifiez donc, avant de signer, quels congés sont encore dans leur période de report.

Et si vous avez repris en temps partiel thérapeutique ?

En cas de licenciement, le salaire de référence n'est pas celui du temps partiel. Pour un salarié licencié pendant un temps partiel thérapeutique, la Cour de cassation retient le salaire perçu avant ce temps partiel et avant l'arrêt de travail qui l'a, le cas échéant, précédé ^[25]. Ce raisonnement est un argument pour faire retenir le même salaire dans la convention, l'indemnité spécifique ne pouvant être inférieure à l'indemnité légale ^[7].

Vous êtes élu au CSE et en arrêt : qui valide la rupture ?

L'inspecteur du travail, dont l'autorisation remplace l'homologation. La rupture conventionnelle d'un salarié protégé est soumise à l'autorisation de l'inspecteur, et le contrat ne peut être rompu que le lendemain du jour de cette autorisation ^[26].

Combien de temps pour contester une rupture signée pendant l'arrêt ?

Douze mois à compter de la date d'homologation, devant le conseil de prud'hommes ^[8]. Le texte ne prévoit pas de report en cas d'arrêt de travail. Une action fondée sur un vice du consentement doit donc être préparée tôt, avec les pièces médicales et les échanges qui entourent la signature ^[11].

Sources

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